在1930年代末期至1950年代初期，端木正分別在武漢大學政治學系、清華大學研究院法學研究所、法國巴黎大學法學院完成從學士到博士學位的課程。時任嶺南大學校長的陳序經寫信邀請他到廣東。
1951年，端木正回國就任嶺南大學歷史政治學系副教授兼代系主任，後轉至中山大學法政學系、歷史學系副教授。在反右運動中，他從副教授降到圖書館資料室做資料員。在其得到正名後不久文化大革命發生，他被下放到五七幹校勞動。[2][3]
1977年北京大學因為師資嚴重不足，邀請端木正去作法國史系列講座。商務印書館邀請端木正給《拿破崙時代》英文版、中文版做校對。[3]
文化大革命結束後，他回到中山大學任教歷史系與政治系。
1980年中山大學重新開辦法律系，他出任系主任。1985年被任命為香港特別行政區基本法起草委員。1987年中山大學法學研究所創辦，他擔任所長。[2]
1989年最高人民法院邀請端木正任副院長。1990年，70歲的端木正接任職位。但此後他仍往返於北京廣州之間任教於中山大學。
1991年9月端木正任中國國際法學會副會長。1993年被中國指派為設在荷蘭海牙的常設仲裁法院首批4名仲裁員之一，並一直連任至逝世。[2]